A igrexa de San Nicolás, antiga igrexa de San Xoán, foi construida entre finais do século XII e comenzos do século XIII, pertence logo ó románico tardío.

Erguida pola orde de San Xoán de Xerusalén esta igrexa-fortaleza tiña baixo o seu control a ponte que atravesaba o Miño e o coidado do hospital de peregrinos, daí ou seu aspecto de fortificación.

San Nicolás pertenceu, primeiro, á Orde de Santiago; despois, á Orde de San Xoán de Xerusalén, máis tarde de Malta. Foi reedificada pedra a pedra no seu lugar actual cando o encoro de Belesar alagou os dous barrios que formaban o orixinal Portomarín ( San Nicolás e San Pedro).

San Xoán de Portomarín é un dos edificios románicos máis impactantes, non só da provincia de Lugo, senón de toda Galicia. Salienta o gran rosetón, cun deseño xeométrico.

Esta igrexa-castelo ten unha planta de nave única. A ábsida consta dun tramo recto cuberto por bóveda de canón e outro semicircular con bóveda de forno. Conta con tres magníficas portadas esculturadas, decoradas cunha forte impregnación do simbolismo románico. A principal evoca a visión apocalíptica plasmada no Pórtico da Gloria, no tímpano atopamos un Pantocrator e as arquivoltas adornadas cos 24 anciáns do Apocalipsis dispostos en forma radial, feito que fai vencellar esta porta á escola do Mestre Mateo. A porta Norte figura unha Anunciación, enmarcada por arquivoltas decoradas con motivos xeométricos. A porta Sur amosa no tímpano figuras de santos, motivos vexetais, animais e figuras humanas. Na fachada posterior aparece un pequeno rosetón e debaixo unha ábsida na que se abren tres celosías, enmarcadas por columnas góticas e arcos de medio punto, decorados con motivos xeométricos.

No interior da igrexa a decoración é mais sobria, ainda que conserva restos de pinturas góticas, un baldaquino do século XVI e unha magnífica escultura de Cristo Crucificado do século XIV, realizada en madeira policromada.

A igrexa aglutinaba a función relixiosa e castrense, daí a súa voluminosidade, rematada cun paseo de ronda ameado con clara finalidade militar.

O 3 de xuño de 1931 foi declarada Monumento Histórico - Artístico.